Надзор за соблюдением требований маркировки в розничных магазинах и иных точках продаж возлагается на уполномоченные государственные органы: Роспотребнадзор (отвечает за соответствие продукции нормам безопасности и подлинность маркировки) и Федеральную налоговую службу (контролирует корректность учета товара в системе «Честный знак», включая ввод и вывод из оборота). Кроме того, могут проводиться внеплановые проверки при поступлении жалоб от потребителей или в рамках межведомственного взаимодействия.